Ножки мозга — это парные структуры, расположенные книзу (вентральнее) от Сильвиева водопровода и относящиеся к структурам среднего мозга хордовых животных. Верхняя часть ножек мозга прилегает к покрышке среднего мозга. Однако в другом определении понятия «ножки мозга», они включают в себя покрышку среднего мозга, то есть в этом определении самая верхняя часть ножек мозга — это и есть покрышка среднего мозга. Самая нижняя и передняя часть ножек мозга называется основанием мозга или основаниями ножек мозга.

Как в покрышке среднего мозга (или самой верхней части ножек мозга, согласно одному из определений этого термина), так и в основании ножек мозга (в их самой нижней части), проходят волокна кортикоспинального пути, как восходящие, так и нисходящие. Восходящие пути от спинного мозга они проходят через основания ножек мозга или через покрышку среднего мозга, затем через таламус или внутреннюю капсулу, и затем в соматосенсорные и висцеросенсорные области коры больших полушарий головного мозга. Нисходящие волокна, идущие в обратном направлении, от коры больших полушарий к спинному мозгу, также проходят на своём пути через ножки мозга.

В одной из интерпретаций термина «ножки мозга» принято считать, что средняя часть ножек мозга содержит так называемую чёрную субстанцию (буквально «чёрное вещество»). Однако в другой интерпретации термина «ножки мозга», чёрная субстанция к ним не относится (в этой интерпретации её относят к покрышке среднего мозга). В любом случае, именно чёрная субстанция является границей между покрышкой среднего мозга и «собственно» ножками мозга. Несмотря на анатомическую принадлежность к структурам среднего мозга и эмбриональное развитие из среднего мозгового пузыря (мезэнцефалона), функционально чёрная субстанция относится к базальным ядрам и входит в состав структур экстрапирамидной системы, и участвует в регуляции и координации движений. Чёрная субстанция называется так потому, что она является единственной областью во всей нервной системе, как центральной, так и периферической, нейроны которой содержат чёрный пигмент — меланин.

Между ножками мозга, в основании мозга, расположена межножковая ямка — та часть межножковой цистерны, которая целиком расположена между ножками мозга. В свою очередь, межножковая цистерна является передней частью задней базальной цистерны. Межножковая цистерна расположена в основании черепа, омывает спинномозговой жидкостью снизу средний мозг, и простирается от варолиева моста до сосцевидных телец гипоталамуса.

Между ножками мозга также выходит глазодвигательный нерв, а блоковый нерв огибает наружную поверхность ножек мозга. Глазодвигательный нерв ответственен за миоз (сужение зрачка, парасимпатическую реакцию) и некоторые виды движений глаз.